Naprzeciwko głównego wejścia do twierdzy Fortezza znajduje się muzeum Archeologiczne, muzeum miasta Rethymno. Przedmioty wystawione w muzeum, przedstawiają historię całego regionu od neolitu do okresu rzymskiego. Ekspozycja prezentowana w porządku chronologicznym.

Archaeological museum of Rethymno został założony w 1887 roku. Od 1991 roku muzeum mieści się w budynku tureckiego bastionu. Dobrze warowny budynek służył jako dodatkowe zabezpieczenie głównego wejścia do twierdzy. Aż do 1960 roku budynek był wykorzystywany jako więzienie państwowe. Wcześniej muzeum znajdowało się w budynku weneckiej Loggia.

Ekspozycja muzeum jest ogromna i bardzo zróżnicowana. W muzeum prezentowane są: duża kolekcja ceramiki, rzeźby, figurki, różne pogrzebowe artefakty, biżuteria, wyposażenie kuchni, rzymskie lampy, wyroby z kamienia, narzędzia pracy i wiele innych.

Do najciekawszych eksponatów muzeum należą позднеминойские grobowce, terakoty statuetki, kask позднеминойской epoki, drukowania z monastiraki station, kamienne ozdoby z jaskini Гераниу. Charakterystyczne są takie eksponaty jak rzymska kopia rzeźby "Wielka геркуланка" ze starożytnego miasta Элефтерна, marmurowy posąg Afrodyty (1 wiek n. e.), minojska statuetka bogini, z podniesionymi rękami, znajdująca się w Панкалохори (1320-1200. p. n. e.), głowa kobiecej figurki z terakoty z Аксоса (530 roku p. n. e.). Szczególne zainteresowanie również jest świetna kolekcja monet z różnych okresów i regionów, w tym monety, чеканившиеся w Knossos. W muzeum można zobaczyć marmurowy надгробную stelę z wizerunkiem wojownika, znajdujące się w Элефтерне, która pochodzi z drugiej połowy w 6 wieku pne i marmurowy sarkofag z obrazem mitologicznych scen I-III wiek n. e.

Bogata kolekcja muzeum Archeologicznego nie pozostawi obojętnym nawet najbardziej doświadczonych miłośnika historii.