Muzeum archeologiczne w Komotini został oficjalnie założony w 1962 roku i oparty na kolekcji archeologicznej, zebranych przez grupę studentów jednej z miejskich szkół, gdzie właściwie starożytne artefakty i przechowywane w 1937-1962 latach. W 1962 roku kolekcję umieszczone w oddzielnym budynku, ale w związku ze stałym członkiem skarby muzeum wymagało pilnego rozszerzenie powierzchni wystawienniczej. W latach 1968-1970 specjalnie dla muzeum według projektu znanego architekta Констадинидиса Аписа wzniesiono nowy budynek, który do dziś uważany jest za jeden z najbardziej imponujących nowoczesnych budowli miasta.

Wyjątkowe pamiątki, wystawione w muzeum Archeologicznym, zostały zebrane na terenie Tracji, i obejmują ogromny okres czasu, począwszy od epoki neolitu do okresu Bizantyjskiego, doskonale ilustrujący historię rozwoju kultury regionu i podkreślając niezaprzeczalny wpływ na nią starożytnych greków. Główna ekspozycja zawiera znaleziska z czasów prehistorycznych osad greckich kolonii rzymskich osad i cmentarzysk. Wystawa prezentowana jest w porządku chronologicznym i w zależności od przynależności terytorialnej starożytnych artefaktów.

W muzeum Archeologicznym w Komotini można zobaczyć wyroby z ceramiki i brązu, rzeźby, biżuterię, monety, broń, pogrzebowe artefakty i wiele innych. Najcenniejszym eksponatem kolekcji, na pewno jest złoty popiersie cesarza rzymskiego Септимия Północy (193-211гг n. e.).

Począwszy od 1987 roku, w muzeum Archeologicznym na bieżąco prowadzone są programy edukacyjne dla uczniów szkół podstawowych i średnich szkół.
Dziś muzeum Archeologiczne w Komotini - jedna z najciekawszych atrakcji miasta.