Historia muzeum Akwitanii w Bordeaux trwa odliczanie w drugiej połowie XVIII wieku – od momentu, jak Akademią Bordeaux zostało założone muzeum rzeźby kamiennej, w którym znajdowały się pozostałości rzymskiego dziedzictwa. Te artefakty zostały znalezione podczas prac ziemnych w mieście, które cyklicznie odbywały się w okresie od XVI do XVIII wieku.

W 1963 roku placówka została zmieniona w muzeum historii, archeologii i etnografii, a także stał się znany pod nazwą "muzeum Akwitanii". W 1987 roku muzeum przeniesiono do budynku byłego wydziału sztuki i nauki, który został zbudowany pod koniec XIX wieku na miejscu klasztoru, znanego jako miejsce pochówku pisarza i filozofa Michela de Монтеня. Muzeum Akwitanii znajduje się w pobliżu katedry Św Andrzeja.

W 2009 roku w muzeum zostały otwarte nowe sale poświęcone taka złożonego w historii kolonialnej Francji, jak niewolnictwo i handel ludźmi. Bordeaux był drugim po Nantes portem, przez który do Europy przybywali czarni невольники. Tylko przez Bordeaux dostarczono około 130 tysięcy niewolników. W muzeum prezentowane są dokumenty i inne eksponaty, które opowiadają o warunkach życia i pracy niewolników, karach za bunty i pędy.

Obecnie powierzchnia muzeum wynosi ponad 5000 metrów kwadratowych, a zgromadzenie eksponatów liczy około 70 tysięcy sztuk. Wszystkie te przedmioty, dokumenty, dzieła sztuki przedstawiają historię regionu Akwitania i jej głównego miasta Bordeaux. Najstarsze eksponaty pochodzą z kolekcji prehistorycznych czasów, wiele z eksponatów są świadectwa różnych czasów – rzymskich, wczesnochrześcijańskich, Średniowiecza. Ponadto w muzeum można zobaczyć ekspozycje poświęcone historii morskiej Bordeaux, sztuki ludów Afryki i Oceanii.