Muzeum archeologiczne miasta Osijek został założony w 1877 roku i nazywał się Muzeum wolnego królewskiego miasta Osijek. Muzeum powstało z inicjatywy i na darowizny (нумизматическая kolekcja, kolekcja starej broni i literatury) kupca Franjo Седлаковича. W 1878 roku pierwszym kuratorem muzeum został mianowany Andrzej Кодрик. W pierwszych dziesięcioleciach istnienia zbiory muzeum wypełniały wyłącznie z dotacji bogatych i znanych obywateli miasta Osijek, wśród których byli Franjo Седлакович, Carl Нубер, Josip Juraj Штроссмайер, Emeryk Brunhildo i dr Carl Коллич. Ta kolekcja była i pozostaje największym darowizną w historii muzeum.

Jednym z najbardziej znanych pracowników muzeum był Векослав Celestine – kurator muzeum z 1893 roku. Pracował w muzeum prawie 43 lata, był sumiennym pracownikiem i profesjonalistą w swojej dziedzinie. To potwierdza fakt, że jest on znany w muzeach w Chorwacji i poza jej granicami. Pełnił prawie całą pracę: martwi się na temat wpłat i dokonywania zbiorów muzealnych, prowadził systematyczną kontrolę dokumentacji, począwszy od wykopalisk archeologicznych, a kończąc na osobliwościami treści. Za jego pracę Celestyn słusznie uważają, że jednym z założycieli muzeum. Do końca pobytu na stanowisku kustosza w 1933 roku założył Klub archeologicznego towarzystwa "Мурса" (w 1937 roku jego nazwę na Towarzystwo przyjaciół zabytków "Мурса"), które stały się ważnym wkładem w pracę w muzeum.

Muzeum w całej historii swojego istnienia bardzo często zmieniał swoją lokalizację. A od 1946 roku i po dziś dzień znajduje się w cytadeli miasta Osijek – dawnej miejski państwowej.

W czasie wojny muzeum został poważnie uszkodzony, ale na szczęście cała kolekcja pozostał prawie nietknięty. Najgorszy szkody kolekcji powstała deszcze i przechowywania. Stała ekspozycja został wywieziony w bezpieczne miejsce. Ale podczas stałych артобстрелов, praca w muzeum została zawieszona. W 1994 roku muzeum uzyskało status instytucji narodowej.