W 1220 roku, ziemia, otacza wioskę Padise, została przekazana klasztorowi Дюнамюнде (dziś Даугавгрива na terenie Rygi) w nagrodę za to, że pochodzą z tego klasztoru pomogły doprowadzić do wiary i chrztu mieszkańców. Przypuszczalnie pierwotnie została zbudowana kaplica (kaplica), która, jak się uważa, została kamiennej. Przynajmniej nie ma informacji, że 1310 g mnisi prosili króla duńskiego Eryka Менведа pozwolenie na budowę kamiennych budynków. Dla rozwoju życia religijnego wsi i konserwacji kaplicy przysłali kilku mnichów.

W 1317 roku rozpoczęło się aktywne budowanie budynków kościelnych w Padise. Do prac wykorzystano вазалеммайский marmur, a później głazy. Kamienna ściana, otacza masywne budynki klasztorne, zależy od ukształtowania terenu i szła korytem rzeki. Rozwój klasztoru został zawieszony w 1343 roku w noc pod Juriew dzień, kiedy doszło do buntu estończyków. Wtedy, według osi czasu Hermana Вартбергского, zginęło 28 mnichów, i zaangażowana podpalił budynków. Po powstaniu Dania przekazała Północną Estonię Ливонскому zakonu.

Cystersi prowadzili ascetyczny tryb życia, nie jedli mięsa. Cystersi – katolickiego zakonu żeńskiego, który w 11 wieku odciął się od zakonu benedyktynów. Dla cysterskich mnichów charakteryzuje kontemplacyjne, ascetyczny styl życia. Kościół tego zakonu charakteryzują się całkowitym brakiem luksusowych wnętrz, drogocenne naczynia, malarstwa. Zakon stał się tak wpływowy i znany, że w 13 wieku już liczyła około 200 klasztorów, a do początku 14 wieku ich liczba wzrosła do 700. Na cześć świętego Bernarda Клервоского, który odegrał znaczną rolę w kształtowaniu i rozwoju zakonu, mistrzowie rzeźbili w kamieniu konsoli kościoła obraz tego świętego wraz z symbolem wierności – psem. Cystersi stworzyli w Padise gospodarstwo rybackie, które składało się z kilku stawów. Najwyższej świtu klasztor osiągnął w 1400 roku.

Po zakończeniu wojny Inflanckiej duża część budynków klasztornych okazało zniszczonej. Wiadomo, że podczas tej wojny opat klasztoru został ścięty. Od tego czasu jest legenda o żywym tutaj duchu mnicha, który może pojawić się przed ludźmi w każdej chwili dnia i nocy.

Dziś ruiny klasztoru Padise poddano częściowej renowacji. Beton doskonale zabezpieczona przed dalszym zniszczeniem. Klasztor jest otwarty dla swobodnego zwiedzania. Dziedziniec, a także sam budynek klasztoru często jest wykorzystywana do przedstawień, koncertów i wesela.