Anatomiczny muzeum zostało założone w 1924 roku przez Karola Gustawa Younga na bazie oddziału wydziału lekarskiego najstarszego szwajcarskiego uniwersytetu w Bazylei. W muzeum prezentowane są najciekawsze eksponaty anatomiczne, odrestaurowane nowoczesnymi metodami, na przykład, szkielet, препарированный Andreas Фезалем jeszcze w 1543 roku.

Muzeum posiada dużą kolekcję cennych historycznie, nawet unikalnych eksponatów, które odgrywały ważną rolę w rozwoju anatomicznej nauki. Wystawy stałe i czasowe służą odwiedzającym muzeum, a także studentów medycyny, przewodnikami w ekscytującą podróż przez ciało ludzkie.

Eksponaty w muzeum są uporządkowane w taki sposób, że przechodząc od jednego do drugiego, można zbadać pracę wielu układów ciała ludzkiego. Na przykład, eksponaty w sekcji "System naczyń krwionośnych" znajdują się w pobliżu modelami serca, a modele w sekcji "układ Nerwowy człowieka" – obok mózgiem. Przegubowe modele, które można zbadać osobiście, dają możliwość blisko wszystko rozważyć i zrozumieć zasady działania ludzkiego ciała. Również z 1850 r. w muzeum znajduje się kolekcja modeli woskowych.

Muzeum znajduje się wśród 40 muzeów i innych instytucji kulturalnych miasta, biorących udział w akcji "Noc muzeów", odbywających się w Bazylei rocznie.