Muzeum historii Moskwy został założony w 1896 roku i nazywał się Muzeum moskiewskiego komunalnych. Inicjatorem utworzenia muzeum była Duma miejska. Podstawę spotkania stanowiły eksponaty pawilonu Moskwy na Krajowej artystyczno-przemysłowej targach w Niżnym Nowogrodzie, która odbyła się w 1896 roku. Pod muzeum ekspozycja została oddana jedna z Крестовских wież ciśnień.

Od 1920 roku muzeum stało się nosić nazwę "Moskiewski muzeum miejskie", a w 1921 roku został przeniesiony w Сухаревскую wieżę. W latach trzydziestych głównym tematem ekspozycji muzeum był Plan przebudowy Moskwy 1935-1947 roku. W 1935 roku wieża została zburzona, i muzeum przeniósł się do świątyni Jana Ewangelisty pod вязом na placu Nowego.

W 1947 roku po raz pierwszy ekspozycję muzeum w kolejce zgodnie z chronologia zdarzeń. W takiej postaci ekspozycja trwała do 1970 roku. Swoją obecna nazwę "Muzeum historii miasta Moskwy" muzeum nosi z 1986 roku. Od 2006 roku muzeum mieści się znany kompleks architektoniczny "Провиантские magazyny" na Зубовском bulwarze. W 2008 roku muzeum otrzymało nowy status – zjednoczenie.

Музейное stowarzyszenie "Muzeum Moskwy" – to kompleks muzeów. W jego skład wchodzą: muzeum archeologii w Moskwie, muzeum "Angielski związek", Muzeum rosyjskiej harmoniczne A. Мирека, muzeum-dworek Голицыных "Влахернское – Bulwar", muzeum historii "Moskwie", muzeum w Świątyni Chrystusa Zbawiciela i muzeum Гиляровского.

Zbiory muzeum liczą około miliona sztuk. W posiadaniu muzeum znajduje się bogate zbiory archeologiczne, duży zbiór sztuk materiałów, wśród których szereg obrazów Wasniecowa "Stara Warszawa", obrazy Makowskiego, Ajwazowskiego, Surikowa, Polenowa, Pasternak, Фалька i Нестерова. Z racji małej ilości wystawienniczej i ogromnej ilości eksponatów muzeum nieustannie organizuje wystawy swoich bogatych funduszy.

Muzeum organizuje ogromną pracę badawczą, wykopaliska archeologiczne, publikuje prace naukowe, dotyczące stanowisk archeologicznych Moskwy i Okolic.