Zimna uniwersytet jest najbardziej starym nie tylko na terenie Chorwacji, ale i w Europie Południowo-Wschodniej. Data jego oficjalnej podstawy uważa się 23 września 1669 roku, kiedy to cesarz rzymski i węgiersko-chorwacki król Leopold I wydał ustawę, признающий przywileje i status uniwersyteckiej placówki oświatowej dawnej jezuickiej akademii, która działała na terenie wolnego królewskiego miasta Zagrzebia, byłego stolicą Królestwa Chorwacji i Slawonii. Data ta jest początkiem historii Загребского uniwersytetu w walce o wcielenie w życie uzyskanych praw i uzyskania godnego miejsca wśród renomowanych i znanych uniwersytetów i akademii w Europie Środkowej.

Historia Загребского uniwersytetu w dzisiejszym jego kształcie rozpoczyna się z inicjatywy джяковского biskupa i wybitnego chorwackiego mecenasa Йосипа Jerzego Штроссмайера, gdy w 1861 roku zaproponował zorganizowanie na uniwersytecie cztery wydziały: medyczny, teologiczne, filozoficzne i prawne. Oferta ta była rozpatrywana w ciągu kilku lat, a w 1874 roku chorwacki parlament przyjął tę inicjatywę i wydał rozporządzenie "O uczelni". W tym samym roku uniwersytet zmienił nazwę i stał się znany jako Nowoczesnym uniwersytetem w Zagrzebiu.

Z lat 1990-tych uniwersytetem uzyskano duża autonomia, w tym samym czasie rozpoczęła się przystąpienie do procesu bolońskiego.