Początkowo na miejscu pałacu Ajuda był drewniany budynek, zbudowany dla rodziny królewskiej, która zdecydowała się przenieść tutaj po trzęsieniu ziemi w 1755 roku. Ten budynek jeszcze nazywano "Królewska chałupa" lub "Drewniany pałac". Pożar zniszczył go w 1795 roku i na jego miejscu wzniesiono murowany pałac.

Budynek zaczynał budować pod kierunkiem architekta Manuela Ситано de Souza, który planował zrobić to w stylu późnego baroku - rokoko. Nieco później budowę kontynuowali architekci José da Costa i Francisco Xavier Fabry ' ego, ale budynek już został zbudowany w stylu klasycystycznym. Budowa trwała aż do 1807 roku i nie została zakończona. Pałac został zdobyty przez wojska Napoleona, a rodzina królewska była zmuszona opuścić Portugalię i schronić się w Brazylii. Budowa trwała powoli, miejsca noclegowe, wygląd pałacu zmieniał się w związku z tym, że na każdym etapie budowy był inny architekt. W 1826 roku pałac ponownie stał się rezydencją królewską. W 1910 pałac został zamknięty po ogłoszeniu Republiki i otwarty jako muzeum w 1968 roku.

W muzeum znajduje się wspaniała kolekcja dzieł sztuki, począwszy od XV do XX wieku. Sale pałacu zdobią meble w stylu Ludwika XV, gobeliny i rzeźbami. W pałacu wiele ekstrawaganckie przedmioty sztuki dekoracyjnej. Jest mnóstwo luksusu było efektem bezprecedensowego bogactwa w XVIII wieku, kiedy po raz pierwszy w Brazylii odkryto diamenty. Zachwycają swoim blaskiem ogród Zimowy, sala Taneczna, sala Ambasadora, a także Sala i sala tronowa sale.

Do tej pory Pałac jest używany przez rząd Portugalii do organizacji oficjalnych uroczystości.