Klasztor został założony donną Laurą Dias w 1280 roku dla mniszek-клариссок. Klasztor przetrwał długo, a w 1311 roku przestał istnieć. W 1316 roku żona króla Диниша I, królowa Izabela Portugalska, odzyskał ten klasztor.

Królowej Izabeli Portugalski nazywano jeszcze "Świętej królowej" z powodu jego wyjątkowej pobożności i prawości. Królowa tak samo znana ze swojego dobry charakter, opierali się szpitale, schroniska i szkoły. Po śmierci swego męża, króla Диниша, że na emeryturze w ten klasztor. A w 1336 roku królowa zmarła i została pochowana w klasztorze w grobie, ozdobione w stylu gotyckim. W 1626 r. królowa Izabela została wyniesiona na ołtarze za swoje miłosierdzie i dobre uczynki.

Pierwszym architektem klasztoru był Домингош Домингуес, znany ze swojej pracy nad krużgankami klasztoru Alcobaça. Kontynuował pracę tego architekta Эштевао Домингуес, który zasłynął swoimi pracami nad galeriami katedry w Lizbonie. W 1330 roku odbyła się konsekracja kościoła, a później do południowej części kościoła znajduje się klasztor. Klasztorowi bardzo często преподносились darowizny pieniężne i dary. Na początku XVI wieku kościół został ozdobiony севильской płytek i zostały zainstalowane nowe ołtarze.

Tak jak klasztor i kościół zostały zbudowane na lewym brzegu rzeki giń mondego, to już po roku budynki zostały zalane co wyszły z brzegów wód rzeki. I przez kilka wieków klasztor затапливался wiele razy. Z powodu częstych powodzi w klasztorze nie można było być, a król Jan IV nakazał opuścić budynek i przenieść się w nowy klasztor - klasztor Santa Clara-a-Nova, zbudowany na wzgórzu, w pobliżu starego budynku. Grób z prochami królowej Izabeli i innych królewskich osób zostało przeniesione do nowego budynku.

Z czasem stary klasztor zamienił się w ruiny. W 1910 roku budowla została wpisana na listę zabytków o znaczeniu krajowym, a niektóre prace renowacyjne zostały przeprowadzone w pierwszej połowie XX wieku.