Do końca 19 wieku, wzrost liczby ludności prawosławnej wymagało budowy nowego Prawosławnej katedry. Istniejąca w tym czasie cerkiew Przemienienia pańskiego stała się ścisłej dla rosnącej liczby wiernych, a poza tym jej położenie było dość wygodne. Książę Siergiej Władimirowicz Шаховской, który w 1885 roku został mianowany Эстляндским gubernatorem, stał się inicjatorem budowy kościoła prawosławnego i uzyskał zezwolenie na zbieranie funduszy dla realizacji tej idei. Darowizny na budowę zachowywali się tu z całej Rosji. W rezultacie do 15 września 1899 roku została zebrana wystarczająca kwota do budowy świątyni.

Katedra postanowili poświęcić Świętego Благоверному Księcia Aleksandra Невскому, na cześć niezwykłego ocalenia cara Aleksandra III i jego rodziny podczas straszliwej katastrofy, co się stało 17 października 1888 roku. Bardzo starannie wybierano miejsce do budowy przyszłego kościoła. Z ośmiu proponowanych wariantów zatrzymał się na placu przed губернаторским pałacem na Wyszogród. W sierpniu 1893 roku odbyła się uroczysta ceremonia poświęcenia miejsca dla przyszłego soboru. Na uroczystość została sprowadzona cudowny obraz Wniebowzięcia Matki Bożej, przywieziona z Пюхтицкого klasztoru.

Projekt katedry przygotował akademik architektury Michał szedłem za Preobrażeński, specjalista kościoła budynków, członek Sankt-Petersburskiej Akademii sztuk pięknych. Początkowo projekt zakładał instalację marmara ikonostasu, ale w trakcie budowy jego zdecydowaliśmy się na drewniane pozłacane. Ikony zostały napisane w warsztacie akademika malarstwa Aleksandra Никаноровича Новоскольцева. Według jego szkiców petersburski master Emil Karłowicz Steinke wykonane witraże, które zostały zainstalowane w ołtarze okna głównego придела. Dzwony wykonaliśmy w Sankt-Petersburgu na колокольном fabryce kupca Wasilija Michajłowicza Orłowa. Dzwon katedry wynosi 11 dzwonów. Na dzwonach są odlewane różne obrazy i napisy. Wynikiem budowy stał się трехпрестолый świątyni, wykonane na wzór moskiewskich świątyń 17 stulecia, która może pomieścić około 1500 osób. Fasady katedry zdobiły mozaiki ścienne, wykonane akademika architektury A.N.Фроловым.

Ceremonia uroczystego poświęcenia katedry w imię Aleksandra Newskiego odbyła się 30 kwietnia 1900 roku, którą poprowadził Biskup Agafangel, biskup Ryski i Митавский. W uroczystości wziął także udział prav. o. Jan Kronstadt.

Na początku lat 20-tych podjęto decyzję o zburzeniu świątyni, jak "pomnika rosyjskiego przemocy". W Estonii nawet zaczęli zbierać środki dla realizacji tego rozwiązania. W końcu 1928 roku był projekt ustawy o rozbiórce aleksandra Newskiego. Świątynia udało się obronić siłami światowej prawosławnej społeczności. W okresie ii wojny światowej kościół został zamknięty i ponownie padło pytanie o jego rozbiórce.

W latach 60-tych ta katedra chcieli przebudować pod planetarium. Od przebudowy, cerkiew Aleksandra Newskiego udało się uratować młodego biskupa Таллиннскому i Estońskim Алексию, przyszłość jego Świątobliwości Patriarchy Moskiewskiego i Całej Rusi Алексию II. W 1999 roku, w dowód szczególnej patronki Таллиннскому Katedry Aleksandra Newskiego nadano status ставропигиального, co oznacza bezpośrednie podporządkowanie kościoła Patriarchy Moskiewskiego i Całej Rusi. W aktualnych czasach katedra aktualny i otwarty codziennie od 8 do 9 godzin.