Pierwsza Michała kościół został zbudowany w 1399 roku. W dawnych czasach, tutaj znajdowało się małe wzmocnienie – "Gorodiec". Do XVI wieku w tym miejscu znajdował się Stary lp. Do niego schodziło wszystkie centralne miejskie ulice. Kiedyś kościół stał na wzgórzu, który przez wieki stał się niemal niewidoczny. Kościół stał się katolicki z 1429 roku, a zwłaszcza jej обустраивали w końcu XVIII wieku.

Dzisiejsza murowana cerkiew została wzniesiona w II połowie XVII wieku. Arcybiskupa Eugeniusza w "Historii księstwa Pejpus" zawiera informacje o tym, że z 1439 roku świątynia powstała być katedrą, przebudowany w 1694 roku, ponownie konsekrowany w 1696 roku. Wokół kościoła znajdują się 1-ноэтажные obudowy, w których w XIX wieku była godshuis w pismach domu, a na początku XX – były mieszkania причта. Jedną mieszkania przekazali Cyrylo-Мефодиевскому braterstwa do sprzedaży literatury religijnej treści.

We wrześniu 1786 roku, na mocy dekretu Pskowskiej duchowej konsystorza, kościół Michała Archanioła została przydzielona do świątyni Kosmy i Damiana z Примостья. Do 1808 roku kościół zupełnie обветшала i przeznaczone do rozbiórki, ale Święty Synod zabronił to zrobić. Do 1900 roku, pozostając diecezjalnej, kościół został przekazany Енисейскому półkę na полковых obrzędy i prowadzenia nabożeństw. W niedziele i święta nabożeństwa odbywały полковым księdzem, w kościelne święta – причтом świątyni Kosmy i Damiana.

W kościele były dwa tronu: główny – w imię Świętego Archanioła Michała i innych Sił Eterycznych i tron – w prawym приделе – w sądzie Położenia Pasa Najświętszej maryi Panny. Lewej nawie – ku czci Wniebowzięcia Najświętszej maryi Panny – z powodu starości został zniesiony, w nim mieści się muzeum diecezjalne fabryki świec, później – kościelna sklep.

Dzwonnica moskiewskiego typu z namiotem został zbudowany jednocześnie z kościołem nad bramą wjazdową, między dwoma kamienicami. Kiedyś w kościele mieścił się godshuis. Od niej pozostała kaplica z obrazem Matki "Ugasić mój smutek", zwłaszcza чтимой mieszkańcami.

W czerwcu 1920 roku wydział zarządzania Pejpus уездно-miejskiego komitetu wykonawczego sporządził akt, w którym kościół i kaplica są przekazywane w prowadzenie religijnego społeczeństwa. W czasach sowieckich, kiedy Troicki sobór został porwany przez "обновленцами", kościół Michała Archanioła ponownie przekształciła się w katedrę dla wierzących, którzy zostali wierni Patriarchy Тихону. Parafianie szli w tę świątynię, a nie w trinity church, пустовавший podczas nabożeństw. Kościół został zamknięty w lipcu 1936 roku. W końcu lat 1930-tych znajdowały się tu аэроклубный sztab i szkoleniowe spadochroniarza klasy.

W latach 1941-1945 Pskowskiej Prawosławnej misji został przywrócony procesja wokół Pskowa w święto Michała Archanioła. Podczas działań wojennych świątynia otrzymała częściowe uszkodzenia ścian, dachów, zewnętrznej i wewnętrznej obróbki. W 1948 roku kościół kompleks został odnowiony zgodnie z planem J. P. Спегальского. Ale potem świątynia znowu zamknęli.

Po zamknięciu kościoła znajdowała się w opuszczonym stanie, był używany głównie jako magazyn, długi czas naprawy w niej nie stał. Tutaj, jak i w innych kościołach, powtórzyła się ta sama historia: gdy dowiedział się o otwarciu świątyni, ludzie zaczęli nosić ikony. Ikonostas został przywrócony różne kreatora. Dolny rząd ikon został napisany w Moskwie, дьяконские drzwi, Carskie wrota, drugi świąteczny wiersz – w Twerze, trzeci i czwarty szeregi – w Pskowie.

Po wieloletniej przerwie pierwszy serwis w Michajłowskim świątyni odbyła się 26 lipca 1995 roku. Przy kościele działa jadłodajni dla bezdomnych dzieci, (płatności, w zasadzie, produkują darczyńcy z Niemiec). Ponadto, przy kościele działa szkoła niedzielna, zorganizowana przez dziecięcy chór kościelny