W historii Japonii były czasy, kiedy władcy sprzyjające rozprzestrzenianiu się chrześcijaństwa, i okresy, kiedy przywiózł zza oceanu dogmat okazywało hańbę, a jego wyznawcy byli okrutne prześladowania. W XV i XVI wieku chrześcijaństwo szybko rozszerzało się na wyspach archipelagu, ale w końcu XVI wieku okazało się tematem tabu, a mieszkańcy Japonii wyznawali go potajemnie. Mieszkańcy Nagasaki zostały zmuszone każdego roku, aby udowodnić, że nie są chrześcijanami. Do tego im proponowali deptać obrazu Jezusa Chrystusa i Matki Bożej, i ten rytuał musieli przechodzić do połowy XIX wieku. W ogóle chrześcijaństwo było zakazane w Japonii na całe dwa i pół wieku, przez ten czas byli mordowani, torturowani lub wyrzuceni z kraju tysiące ludzi, исповедовавших tę religię.

5 lutego 1597 roku w Nagasaki były publicznie straceni za działalność misyjną 26 osób, wśród których byli 20 japończyków, cztery hiszpana, a także meksykanin i hindus. Na rozkaz który rządził wtedy szoguna Hideyoshi Toyotomi aresztowanych chrześcijan był torturowany, a następnie doprowadziły w Nagasaki i został ukrzyżowany na krzyżu, zainstalowanych na wzgórzu Нисидзака. Po śmierci poległych męczenników zaczął czytać jako świętych i uznania za nimi różne wspaniałe czyny. W sto lat później, po ich kanonizacji w 1962 roku na wzgórzu były otwarte pomnik i muzeum. 6 stycznia Kościół Katolicki w Japonii obchodzi dzień ich pamięci.

W kolekcji muzeum znajdują się ważne dokumenty historyczne, przywiezione z Europy i sporządzone w samej Japonii, dzieła sztuki z okresu wczesnego chrześcijaństwa w Japonii. Ekspozycji w kolejności zapoznają zwiedzających z okresu wczesnego chrześcijaństwa, w czasach prześladowań chrześcijan i życiem tajnych katolików w okresie samoizolacji państwa.

Obecnie chrześcijaństwo jest trzecią z głównych religii w Japonii po buddyzmu i shinto. Na początku XXI wieku w kraju było około 2, 5 mln chrześcijan, głównie katolików.