Muzeum morskie został otwarty w 1962 roku w zachodnim skrzydle klasztoru Hieronimitów w Belen. Tutaj można zobaczyć wiele układów łodzi, rybackich statków, żaglowców i karaweli, a także różnorodne urządzenia nawigacyjne, astrolabium, mapy morskie i kamienne krzyże, które zostały zamontowane przez portugalczyków na otwartych nimi ziemiach. Także tutaj są pokazane i współczesnych portugalskich statków.