W 1647 roku miasto Eisenstadt znalazł się pod panowaniem książęcego domu Esterházy, co miało duży wpływ na miasto i doprowadził do pozytywnych zmian. W 1648 r. na mocy dekretu cesarza Ferdynanda III Eisenstadt stał się wolnym miastem, płacąc откупные w wysokości 16000 guldenów i 3000 beczek wina. W 1670 roku Paul I pozwolił osiedlić się w Айзенштадте i sześciu pobliskich miejscowościach 3000 żydów, którzy zostali wygnani z Wiednia. Rabinem miasta był Samson Вертаймер, który sam został pochowany na starym cmentarzu żydowskim.

Pojawiła się potrzeba na cmentarzu. Tak pojawił się stary cmentarz żydowski w 17 wieku w pobliżu dzielnicy żydowskiej. Stary cmentarz funkcjonowało z 1679 w latach 1875 i liczyła około 1140 plattyho płyt tylko z napisami w języku hebrajskim. Z powodu ograniczonej przestrzeni, obok cmentarza utworzono nową. Nowy cmentarz znajdowało się w pracy z 1875 roku.

W czasie okupacji oba cmentarze zostały częściowo zniszczone, a nagrobki zostały wykorzystane do budowy zapory w całym mieście. Po 1945 roku cmentarz został odnowiony, a zabytki zostały dostarczone na miejsce. W 1992 roku na nowym cmentarzu miał miejsce akt wandalizmu: około 80 nagrobków zostały sprofanowane hitlerowskich symboli.

Cmentarz w Айзенштадте różni się od innych starożytnych żydowskich cmentarzy brakiem roślinności. Jednak ma duże podobieństwo w kształcie i wyglądzie ze Starymi cmentarzem. Jest to spowodowane tym, że pierwsi osadnicy byli wiedeńskich emigrantów. Wcześniej wejście na stary cmentarz został wykonany przez piękne półokrągłe metalowe, bramy, jednak obecnie nie zachowały się. Oba cmentarze są otwarte dla publiczności.