Żydowskie muzeum mieści się w domu Вертхаймер, zabytkowym budynku, nazwany na cześć węgierskiego rabina Samsona Вертгеймера (1658-1724). Decyzja o założeniu muzeum żydowskiego w Айзенштадте podjęto w 1969 roku na forum Instytutu studiów żydowskich przy uniwersytecie Wiedeńskim. Muzeum zostało otwarte trzy lata później, w 1972 roku.

Żydowskie muzeum mieści się na powierzchni prawie 1000 metrów kwadratowych i podzielona jest na kilka sal wystawowych.

Podczas wizyty w muzeum można zobaczyć prywatne synagogi, znajdujący się na parterze budynku. Ta mała synagoga jest jedną z niewielu, która nie ucierpiała w czasie "nocy Kryształowej" (lub "Noc rozbitych witryn") w listopadzie 1938 roku. To była pierwsza tak szeroko zakrojona atak nazistów żydów. W nocy odbyła się masowa fala żydowskich pogromów na terenie Iii Rzeszy, został zniszczony 267 synagog, zamordowany 91 żyd, setki rannych i покалечены, tysiące zostały upokorzony i poniżenia, ponad 30 tysięcy wysłano do obozów koncentracyjnych.

Również, muzeum oferuje do zapoznania się ze swoją stałą ekspozycją, która wyczerpujące przedstawienie o życiu żydów i o historii żydów w Burgenlandzie. W końcu ekspozycji znajduje się imponujący memorial hall, utworzony w pamięć o siedmiu znanych żydowskich społecznościach Burgenlandu.

Również, w muzeum znajduje się biblioteka, która zawiera ponad 10.000 woluminów. Część książek znajdują się w stałej ekspozycji muzeum, w większości, są to książki z 18 wieku. Ponadto w bibliotece znajduje się duży zbiór faksów tytułów znanych książek. Na szczególną uwagę zasługuje cenny zbiór książek w języku jidysz.

Muzeum znajduje się w dzielnicy Унтерштадт (Dolne Miasto), gdzie z 1670 roku osiedlili się około 3000 żydów, wypędzonych z Wiednia. W pobliżu muzeum znajdują się dwa stare cmentarze żydowskie.