Kościół San Sebastian znajduje się na szczycie wzgórza, w pobliżu targu rybnego, w północnej części starego miasta Lagos. Z tego miejsca roztacza się wspaniały panoramiczny widok na zatokę. Kościół uważany jest za jeden z najstarszych i najpiękniejszych kościołów w mieście.

Jeszcze przed tym, jak został zbudowany kościół, w tym miejscu, w 1325 roku stała kaplica Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi panny. W 1463 roku biskup Жуао de Mello przyczynił się do tego, aby w tym miejscu powstał kościół. W 1490 roku na rozkaz króla Portugalii, dona Жуао II, ponownie zostały przeprowadzone prace renowacyjne, a kościół został rozszerzony. Wtedy kościół został konsekrowany jako kościół San Sebastian (kościół świętego Sebastiana). Niestety, jak to się stało z wieloma zabytkowymi budynkami w Portugalii, kościół został praktycznie zniszczony podczas Lizbońskiego trzęsienia ziemi w 1755 roku. Kościół odbudowano, a dwa wieki później, kościół został ponownie zniszczony trzęsieniem ziemi, które miało miejsce w 1969 roku. Z czasem kościół ponownie został przywrócony.

Wewnątrz kościoła na trzy nawy, oddzielone kolumn doryckich. Oryginalny ołtarz główny kościoła pochodzi z XVI wieku. Ołtarz składa się z czterech paneli. Zakłada się, że panele te są tworzone jednym z najbardziej znanych artystów Algarve w XVI wieku Алваро Диашем. W kościele przechowywane stary plan miasta. W 1828 roku do kościoła dobudowano wieżę z dzwonem.

W 1924 r. kościół San Sebastian została wpisana na listę zabytków narodowego znaczenia.