W 1546 r. zostało założone miasto Arica w miejscu zwanym El Ченчорро. Przez pięćdziesiąt lat miasto zostało zniszczone przez trzęsienie ziemi i tsunami, które zmusiły mieszkańców przenieść swoje domy w port pod ochronę przylądka Morro, w miejsce, w którym znajduje się obecnie.

Obecny budynek katedry Ariki został zbudowany na ruinach drugiej świątyni miasta, wzniesiony w 1640 roku. Po 200-letniej służby kościół ten został też zniszczony przez trzęsienie ziemi w 1868 roku. Zachowały się tylko kamienne schody. Projekt nowego budynku kościoła została zamówiona peruvian prezydentem Jose Bałta we francuskiej pracowni Gustawa Eiffela i był początkowo przeznaczony dla miejscowości Ancona. Ale 1875 roku postanowiono zbudować w Arica. Już za rok w świątyni odbyła się pierwsza Msza.

Podczas wojny na Pacyfiku (1879-1883) miasto Arica stał się należeć do Chile. Ale do XX wieku parafia Ariki pozostawał pod kierownictwem diecezji Arequipa, zgodnie z dekretem Watykanu. W 1910 roku burmistrz miasta Arica, Maximo Turecka, wydał dekret o wydaleniu peru kapłana i jego pomocnika z kraju. Zastąpiły je chilijscy wojskowi kapelani.

W 1911 r. kościół został dołączony do diecezji Тарапака (teraz diecezji Iquique). A w 1959 roku, został przeniesiony do rangi katedry. Z błogosławieństwem Papieża Jana Pawła II w 1986 roku powstała diecezja Arica z centrum w katedrze Św. Marka w Arica.

Budynek kościoła jest stosunkowo niewielka, w stylu gotyckim. Konstrukcja kościoła wykonana jest w całości z metalu - belki, słupy, stany ostrymi łukami, za wyjątkiem dwóch drewnianych drzwi. Wieża świątyni wznosi się do nieba, nadając budynkowi piękno i majestat, który jest wzmacniany dzięki otaczającego krajobrazu: Plaza de Colón, przylądek Morro de Arica, port, port i bezgraniczne morze.

W 1984 roku budynek katedry ogłoszony Narodowym zabytkiem Chile. A w 2002 roku - zabytkiem Ariki.