Muzeum ma oficjalną nazwę – Muzeum ofiar ludobójstwa, ale przy oznaczeniu tego muzeum w potocznym języku, a także, gdy podróżuje się po mieście Wilnie najczęściej wykorzystują nazwę Muzeum KGB.

Muzeum zostało otwarte w dniu 14 października 1992 roku, na rozkaz Ministra oświaty i kultury, a także prezydenta europejskiej politycznych zesłańców i więźniów. Muzeum mieści się w budynku, w którym represyjne sowieckie struktury - NKGB-MGB-KGB i NKWD – zlokalizowane były od połowy 1940 roku do sierpnia 1991 roku. Dane organizacji zajmowali sporządzanie planów aresztowań lub linków mieszkańców Litwy, sprawowało преследовательскую działalność dysydentów, a także wszystkie sposoby hamował wszystkie podejmowane ludem dążenia do próby odzyskać utraconą niepodległość.

Ponadto, dla narodu litewskiego ten budynek służył symbolem sowieckiej okupacji Litwy, która miała miejsce 50 lat temu. Z tego powodu dla litwinów jest bardzo ważne, że właśnie w tym miejscu znalazł swoje miejsce w Muzeum ofiar ludobójstwa, który musi i będzie przypominać obecnemu i przyszłemu pokoleniu o tak tragicznych i trudnych latach dla całego narodu (1940-1990 roku). Muzeum samo w sobie jest wyjątkowy jeszcze i tym, że jest jedynym w swoim rodzaju w byłych tzw. republikach ZSRR, który został otwarty tam, gdzie wcześniej do tego było mieści się główna siedziba KGB.

Do 1997 roku muzeum zostało zreorganizowane. Prawa założyciela tego muzeum zostały oddane Centrum badania ludobójstwa i резистенции mieszkańców Litwy (ЦИГРЖЛ) zgodnie z rządowym rozporządzeniem Republiki Litewskiej z dnia 24 marca 1997 roku. Rozporządzenie nosiło tytuł: "O przekazaniu Centrum badań represji i Muzeum ofiar ludobójstwa i резистенции mieszkańców Litwy".

Obecnie muzeum jest składnikiem ogniwem Memorial departamentu wspomnianego Centrum. Jego zadaniem jest gromadzenie, przechowywanie, badanie i propagowanie historyczno-dokumentalnych materiałów, które odzwierciedlają metody i formy nie tylko fizycznego, ale i duchowego ludobójstwa litewskich mieszkańców, prowadzonych przez radzieckich оккупационным trybem. Ponadto, omówiono zakres i sposoby oporu оккупационному trybu.

Muzealna ekspozycja mieściła się w tym budynku, który stał się symbolem cierpienia i smutku dla ogromnej liczby litewskich mieszkańców, gdzie w latach 1940-1990 znajdowała się siedziba KGB. Za rogiem zwykłego miejskiego budynku znajdowało się więzienie. Każdy dzień w niej setki więźniów politycznych były narażone na жесточайшим torturom, a także приговаривались na karę śmierci, która odbywała się w tym samym miejscu.

W pracy Muzeum ma miejsce wystawy: Litwa w 1940 i 1941 roku. W czasie, gdy rozpoczęły się represje. W 1940 roku wojska sowieckie napadły na litewską terytorium. Kraj był pełen opozycyjnie nastawieni. Właśnie z tego powodu pierwszym krokiem władzy radzieckiej było stworzenie instytucji, tych, którzy się problemami niezgody w tym kraju. Na ten moment karne organy NKWD już zgromadzić wystarczająco bogate doświadczenie w walce z niezadowolonych prawdziwym radzieckim trybem obywatelami. Tylko w lipcu 1940 roku ponad pięćset litewskich patriotów, byłych przedstawicieli władz i inteligencji byli narażeni na aresztowania.

Odwiedzający muzeum mogą zobaczyć na 19 byłych kamer, izolator w 3 metry kwadratowe, a także trzy komory tortur. Kamery znajdowały się w stanie surowym i zupełnie nie отапливались. Ponadto, w jednej celi na 9 metrów kwadratowych, raz był przed dwudziestu więźniów, których bezwzględnie nie wolno było nie tylko siedzieć i leżeć, ale i zamykać oczy. Tortur zostały pokryte specjalnym зкуконепроницаемым materiałem, który chłonął głośne krzyki ofiar, które zadawały ciężkie ciosy истязатели. Ale najbardziej przerażające było to, że ludzie, którzy zabraniali spać w ciemności i siedzieć tylko w pełnej izolacji akustycznej, zaczynali tracić orientację w przestrzeni i po prostu wpadają w szaleństwo. Podłogi tak zwanych "mokrych" kamer заливались zimną wodą, po tym, więźniów stać na płytach z metalu, nie dając spać im dzień.

W muzeum pracują przewodnicy, którzy byli w przeszłości politycznych. Każdy przewodnik zawsze pokazuje swoją kamerę.