Muzeum historyczno-archeologiczne muzeum-rezerwat został założony w 1879 roku. Otworzył go etnograf i historyk E. D. Фелицын, którego imię obecnie nosi to muzeum. Początkowo muzeum nazywał Kubań wojskowego etnograficzne i естественноисторический muzeum. W latach 70-tych xx wieku nastąpiło jego połączenie z Краснодарским historyczno-krajoznawcze, Анапским i Темрюкским краеведческими muzeów, Muzeum rodziny Степановых, a także z Domem-muzeum M. J. Lermontowa i muzeum Archeologicznego w Taman. Po tym wydarzeniu muzeum zyskał obecną nazwę.

W muzeum historyczno-archeologicznym muzeum-rezerwacie im. E. D. Krasnodar znajduje się wiele kolekcji, które zapoznają turystów z życia narodów i plemion, żyjących wcześniej na terenie Kuban. Tutaj szeroko ujawnione historia kubańskiego kozaków, bo zbiory muzeum liczą ponad 420 tysięcy obiektów. Na szczególną uwagę zasługuje Złoty spiżarnia, pokazujący stare wyroby z metali szlachetnych.

Budynek muzeum-rezerwatu stanowi luksusowy dom, który został zbudowany na zamówienie dla braci Богарсуковых w 1901 roku. Jego architektura łączy w sobie klasyczny styl i baroku. Wnętrze bogaty marmuru i młotkowania z roślinnym ornamentem. W czasach wojny Domowej w budynku mieścił się sztab armii Ochotniczej generała Denikina, po rewolucji używali go jako ich część Armii Czerwonej. Potem sale rezydencji były zajęte oddziałami NKWD. W 2006 roku władze podjęły decyzję o pracach konserwatorskich, a później zaledwie dwa lata budynek muzeum już uznano najlepszym zabiegom konserwatorskim obiektem na krajowego konkursie.

W obecnym czasie Krasnodar muzeum-rezerwat znany jest jako największy музейное stowarzyszenie Północno-Kaukaskiego regionu, który jest zawarty w wykazie obiektów ogólnorosyjskiego wartości.