Ogród botaniczny został założony w 1803 roku profesorem R. A. Германном. On sam był jego pierwszym dyrektorem. Pracami budowlanymi i układ ogrodu zajmował się główny ogrodnik I. A. Вейнманн. W 1811 roku, profesor historii naturalnej K. F. Ледебур został wybrany dyrektorem ogrodu botanicznego, sumiennie wykonywał swoje obowiązki na przestrzeni 25 lat. Dzięki jego staraniom i entuzjazm ogród rosła i dziś osiągnął rozmiary do 3, 5 ha. Pamiątkowe płyty, a także pomniki w parku przechowują pamięć o znanych ботаниках, pracujących na rzecz ogrodu Botanicznego.

Przed оранжереями znajduje się dział systematyki roślin, założona w 1870 roku. Kolekcja ta pomaga uczniom zrozumieć podstawy botaniki, a dla miłośników roślin dostępny jest doskonałą okazją do zapoznania się z rzadkimi gatunkami.

Po prawej stronie od głównego wejścia znajduje się ogród roślin jednoliściennych roślin, w którym rośliny znajdują się na zasadzie regionu ich pochodzenia. W kolekcji około 300 gatunków roślin jednoliściennych roślin, wśród których wiele cebulowych i bulwiaste kwitnące wiosną i wczesnym latem.

Przed palmiarnią w systemie botanika Adolfa Энглера obsadzone двудольные rośliny. Do tego powszechnie-uznanego systemu, który jest używany przez wielu botaniczni ogrodów po dziś dzień, charakterystyczne jest to, że rośliny są reprezentowane przez linie ich ewolucji. W tej kolekcji około 800 gatunków roślin. Tutaj znajdziesz zarówno rocznych, jak i двулетние kultury. Wśród przedstawionych dwuliściennych roślin, można zobaczyć takie nieprzyzwyczajeni do Estonii rośliny uprawne, jak soczewica, karczoch, gryka, len, tytoń i inne.

Park ogrodu botanicznego zajmuje większą jego część. Jest on podzielony na 3 działy: europejski, północno-amerykański i wschodnio-azjatycki. Cennym zabytkiem europejskiej części parku jest najbardziej "gruby" klon Estonii. W wschodnio-azjatyckim dziale rośnie stare drzewo, a także амурские бархаты i różne gatunki klonu. Pod drzewnymi kulturami rosną rośliny zielne tej samej naturalnej dziedzinie. Na tej samej zasadzie powstała Миннеотская gaj w północno-amerykańskiej części parku.

Na terenie parku jest reprezentowany zbiór wieloletnich roślin ozdobnych. Na południowym zboczu rosną takie rzadkie dla Estonii rośliny, jak miłorząb dwuklapowy i tulipanowiec tulipan kwitnie. Za murem znajduje się kolekcja irysów, przedstawione ponad 60-cioma odmian. W drugiej połowie ogrodu znajduje się duży, składający się z 250 odmian, kolekcja piwonii. Ten ogród piwonie kwitną od połowy czerwca do końca lipca, został utworzony w roku 2004.

Od strony rzeki Emajõgi rośnie ogród клематисов, kwitnących od końca lipca do samych przymrozków. Kolorystyka kolekcji waha się od białego do ciemno-czerwonego. Specyficzny wybór roślin rabatowych co roku się zmienia. Każdego roku kwietniki starają się upiększać nowych i bardziej rzadkimi gatunkami roślin. Duży kwietnik znajduje się z lewej strony od gaju palmowego szklarnie. W centrum ogrodu w kotlinie i na zboczach dawnego bastionu Św. Jerzego znajduje się ogród skalny. Duża część roślin pochodzi z górnej granicy lasu pasa górskich i alpejskich łąk.

We wschodnim rogu ogrodu znajduje się ogród różany, w którym rośnie około 250 gatunków róż. Ten zakątek ogrodu w okresie masowego kwitnienia róż przyciąga turystów swoją kolorową i zróżnicowaną paletę barw, a także kusi wspaniałym bukietem zapachów. W zachodniej części ogrodu botanicznego prezentowane są rośliny estońskiej flory.

W palmiarni rośnie 58 gatunków palm. Najstarszą jest 90-letnia канарская palma daktylowa. Najwyższym jest вашингтония нитевидная, którego wysokość wynosi 20 metrów. W prawym rogu rosną banany, pod nimi znajduje się basen, w którym pływają ryby i żółwie wodne. Ponadto, w szklarni żyją budgie, нимфовый i сенегальский.

W podzwrotnikowej szklarni zebrane rośliny ze wszystkich kontynentów subtropikalnych pasa. Są tu rośliny z Australii, Afryki, nowej Zelandii, Japonii, Ameryki i innych krajów. W szklarni tropikalnej są głównie rośliny sprowadzone z Ameryki

W szklarni sukulentów, zajmuje powierzchnię 100 mkw., istnieje około 600 gatunków roślin. Tutaj znajdziesz różne rodzaje aloesu, eoniuma i jade. Rosną także rośliny z rodziny кактусовых i агавовых. Najstarszym i największym kaktusa szklarni jest ehinokaktus Грузона, zwany popularnie "тещиным fotelem".