Chilijskie Narodowe muzeum jest państwową instytucją i znajduje się pod kontrolą Dyrekcji bibliotek, archiwów i muzeów. Jego zadaniem jest zapewnienie otwartego dostępu do historii kraju poprzez gromadzenie, zapisywanie, badania i upowszechniania dziedzictwa Chile.

W 1873 roku z inicjatywy burmistrza Santiago Benjamina Wigonia Макенна została zorganizowana wystawa tymczasowa starożytnych artefaktów Exposición del Coloniaje, która mieściła się w budynku dawnej rezydencji gubernatora Chile, obecnie w tym budynku znajduje się poczta główna, siedziba-Mail-de Chile. W 1874 roku, opierając się na idei stworzenia stalego muzeum historycznego, tę wystawę z niewielkimi dodatkami przeniesiono do zamku w dzielnicy Santa lucía de Santiago.

W pierwszej dekadzie XX wieku dyrektor biblioteki Narodowej Luis Mont-Mont, zaproponował zorganizować nową wystawę historyczną. Nowa wystawa z dużą kolekcją artefaktów otworzyły się w willi, która znajduje się na ulicy Монджитас, między San Antonio i Mak-Ever, i zrobił furorę. Wtedy organizatorzy wystawy postanowili zwrócić się do rządu z prośbą o utworzeniu Narodowego muzeum historycznego w Chile. Dzięki staraniom senatora Figueroa Joaquin Ларраина w maju 1911 r. wniosek o otwarcie muzeum została podpisana przez prezydenta Republiki Don Ramonem Barros Luco.

Od 1982 roku muzeum mieści się w budynku Palacio de la Real w północnej części Plaza de Armas, który został zbudowany przez Juana Jose de Гоякоалея Занярту w latach 1804-1808 roku. Wcześniej w budynku znajdowała się siedziba Królewskiego sądu, tutaj odbył się Pierwszy kongres narodowy w 1811 roku, a od 1812 w 1814 roku znajdował się Rząd pod kierownictwem patriotycznego ruchu la Patria Vieja. W okresie hiszpańskiej Rekonkwisty budynek znów stał się własnością królewski dwór. W 1818 roku Pałac Królewskiego sądu został oficjalnie nazwany Siedzibą rządu Bernardo O ' Higginsa i stał się nazywać jak Pałac Niepodległości. W tym budynku znajdowały się ministerstwa i inne państwowe instytucje i urzędy. Dla zachowania budynku w 1969 roku został ogłoszony narodowym zabytkiem Chile i przekazano do Narodowego muzeum historycznego w Chile, a także odrestaurowany w latach 1978-1982.

Obecnie kolekcja muzeum podzielone w następujący sposób: kolekcja rzemiosła artystycznego i rzeźby, kolekcja sztuki ludowej i rzemiosła, kolekcja obrazów i rycin, kolekcja tkanin i strojów, kolekcja archeologii i etnografii, kolekcja narzędzi i sprzętu, kolekcja mebli, kolekcja medali i monet, kolekcja książek i dokumentów, kolekcja broni, kolekcja fotografii historycznej. Zbiory te mają różne pochodzenie - niektóre zostały uzyskane z innych muzeów, wystaw i kolekcji prywatnych, inne zostały przekazane przez różnych ludzi z początku XIX wieku do chwili obecnej.