Kościół Świętego Mikołaja jest trzecim kościołem prawosławnym miasta Ruse – po świątyń Świętej Trójcy i Świętego Jerzego.

Pierwotnie kościół został zbudowany jako kaplica grecka, jednak po zakończeniu wojen Bałkańskich 1912-1913 r., gdy liczba greków w mieście zaczęła się zmniejszać, odszedł Bułgarskiej Cerkwi (1 czerwca 1914 roku). Kilka lat później w Ruse (jak i w ogóle w Bułgarii) pojawiło się wielu uchodźców z wojny domowej, która nastąpiła po rewolucji bolszewickiej w Rosji. Wtedy świątynię oddano dla potrzeb religijnych rosyjskich imigrantów. Rosjanie przynieśli do kościoła swoje ikony i księgi i prowadzili swoje usługi równolegle z działalnością Bułgarskiej Cerkwi Prawosławnej. Tak kościół Świętego Mikołaja stał się sławny wśród mieszkańców miasta Ruse jak "rosyjski kościół".

W 1990 roku rozpoczął się proces malowania świątyni, która trwała dziesięć lat. Teraz kościół zdobią obrazy prace artystów Ясена Jankowa, Ivo Йотовского i Пейно Пейнова. Nie tak dawno temu do budynku dobudowano dzwonnicę, na której znajduje się 240-kilogramowy dzwon.

W 1973 r. kościół Św Mikołaja w życie swojej ciekawej losu i w związku z dramatyczną historią Bułgarii została uznana za zabytek kultury.