Według legendy, nazwa "Мишарина góra" stało się od pewnego urzędnika Мунехина Мисюри, który żył w pierwszej połowie 16 wieku, który był znany ze swojej działalności charytatywnej w stosunku do Boga kościołów. Autorytatywny krajoznawca Окулич-Казарин H.Sz. wolał najbardziej prawdopodobna wersja pochodzenie nazwy świątyni od małych bagien sobie nazwę мшары, bo to takie bagna kiedyś w starożytności i była otoczona góra.

Budowę murowanej cerkwi miało miejsce w 1547 roku. Początkowo świątynia była klasztoru. W nagraniach Писцовой książki 1623 roku wspomina się o męskiej Котельниковом klasztorze z Мишариной góry. Właśnie o tym klasztorze jest napisane w Четьях минеях Krajowego metropolity Makarego. Istnieje przypuszczenie, że opat Котельникова klasztoru na przestrzeni lat 60-tych 16 wieku był Wasyl-Barlaam, który jest autorem życia Aleksandra Newskiego, Евфросина Pejpus.

W 1808 r. kościół był przeznaczony do rozbiórki jak bardzo stary, ale Święty Synod nie dał zgody na tę akcję. W 1882 roku przez kupca z Pskowa Стехновским Piotrem Михайловичем przed drzwiami wzniesiona została murowana przybudówka. Przez 1892-1896 roku przeprowadzono prace remontowo-prace konserwatorskie na środki pieniężne kościelnego starosty – Кафельникова Iwana Michajłowicza – honorowego obywatela miasta Pskowa. Kościół ma dwa tronu, z których głównym jest tron Ewangelisty i Apostoła Jana Teologa, a drugi nazwany w imię Świętego Męczennika Jana Wojownika. Przez 1786-1808 roku do kościoła został przypisany świątynia Jerzego z Взвоза, a w 1934 roku dopisała kościół равноапостольных Świętych Króla Konstantyna i jego matki Królowej Heleny.

Kościelna dzwonnica została zbudowana w jednym czasie z powstaniem kościoła Jana Chrzciciela. W dzwonnicy wisiały sześć dzwonów. W parafii znajdowało się trzy kaplice, zbudowane z drewna: Cudotwórca i Świętego Mikołaja w pobliżu miejscowości Хрястолово, Świętej Męczennicy Anastazji i Zakonnicę męczennicy Anastazji.

Przy kościele Jana Chrzciciela istniały godshuis, cerkiewno-parafialne opiekę, szpital, ale cerkiewno-parafialnej szkoły i nie zbudowano. Pod koniec 19 wieku w wiosce o nazwie Kozi Bród został zbudowany kościół parafialny szkoła, ale wkrótce w 1895 roku z powodu bliskości do innych miejskich szkół została zamknięta.

Na obwodzie całego kościoła znajduje się cmentarz, na którym pochowani historyk i krajoznawca Цвылев S. A., konserwator Smirnow W. P., a także żołnierze, którzy zginęli w czasie wykonywania swojego bojowego długu.

Od 1913 roku, w świątyni służył ksiądz Колобов Fiodor Wasiliewicz. W 1927 roku, po tym, jak go kilka razy aresztowany, Fedor Gogola zesłany na Ural. Żona Колобова poszła za nim, po czym o nich żadnych informacji nie było. Псаломщиком-diakonem został Michaił Lebiediew, ale o jego późniejszym życiu nic nie wiadomo.

23 grudnia 1936 roku podjęto decyzję o zamknięciu kościoła, ale według innych informacji, nabożeństwa trwały aż do Ii wojny światowej. Podczas wojny świątynia otrzymała niektóre uszkodzenia ścian, dachu, wewnątrz i na zewnątrz. Na przestrzeni lat 1970-1989 pod kierunkiem architekta Lebiediewa W. A. została przeprowadzenie pełna renowacja kościoła. 3 marca 1965 roku, kościelna cmentarz został zamknięty dla pochówków.

Pierwsze usługi zaczęły odbywać się w 1992 roku, przy samym wejściu do świątyni. Odrodzenie kościoła Świętego Jana Chrzciciela jest ściśle spleciona z nazwą znanego opata Jony. Przyczynił się do odbudowy kościoła i dyrektor telewizji pejpus zakładu Kukuszkin Wiktor Pietrowicz.
W 2001 roku z Pskowa arcybiskup Euzebiusz dokonał obrzędu konsekracji ośmiu dzwonów, które zostały oddane w mieście Woroneż według starej metody. Dziś w kościele działa szkoła niedzielna i odbywa się kameralna usługa, która uzyskała status diecezjalnej.