Nagasaki powstał w końcu XVI wieku jako mały port osada, a następnie stał się miastem, który w ciągu dwóch i pół wieku był jedynym portem, otwarte dla handlu międzynarodowego. Do końca XVII wieku Nagasaki stał się jednym z największych w Japonii misyjnych ośrodków, a obecnie zamieszkuje najliczniejsza społeczność chrześcijańska w kraju.

O tych i innych faktach z historii miasta można dowiedzieć się, odwiedzając muzeum historii i kultury w Nagasaki. Został otwarty w 2005 roku w dawnej rezydencji sterującego Nagasaki. Ten budynek należy do budowle średniowiecznego okresu przetrwało pełną rekonstrukcję. W latach ii wojny Światowej w tym budynku mieścił się sztab OBRONY przeciwlotniczej Nagasaki. W schronie, które znajdowało się w zachodniej części budynku, podczas atomowego bombardowania próbowali schronić się mieszczanie.

Kolekcja muzeum liczy 48 tysięcy sztuk, wśród których dokumenty, dzieła sztuki zdobniczej, a także przedmioty sprowadzone do Japonii zagranicznymi kupcami. Ekspozycji muzeum w przeważającej części poświęcone tematowi stosunków międzynarodowych i kontaktów Japonii z innymi państwami w okresie jej samoizolacji, охватывавший od XVII do XIX wieku. W szczególności, stała ekspozycja prezentuje eksponaty przywiezione z Holandii, Chin i Korei. W muzeum można również wyobrażenie o tak zwanej kulturze Нанбан lub kulturze "południowych barbarzyńców" - imigrantów z Portugalii i Hiszpanii. Ponadto, część kolekcji muzeum poświęcony przenikanie i rozprzestrzenianie się chrześcijaństwa.

Przestrzeń muzeum jest podzielone na trzy części, jedną z nich jest przypisany do tematu sędziego Nagasaki i zawiera rekonstrukcję życia urzędników średnich wieków. Pozostałe dwie części poświęcone kulturze historycznej i współczesnej życia Nagasaki – o tym, jakie miejsce zajmuje miasto w gospodarce kraju i w jakich dziedzinach zajmuje pozycję lidera.