Zgodnie z prac ярославских historyków Афанасьевский klasztor został założony po 1612 r., podczas gdy obok kościoła Atanazego i Cyryla w kaplicy nastąpiło odsłonięcie cudownego obrazu Zbawiciela Niestworzonego. Ale istnieją dowody, że ten klasztor istniał już w 16. w. W 1615 r. Gabriel Мякушкин, starosta ziemski, zwrócił się do metropolita ростовскому Кириллу z prośbą o błogosławić założenie klasztoru na świętym miejscu.

Istnieją dokumentalne informacje o tym, że Афанасьевский klasztor jechali игуменами. W pierwszych latach swojego istnienia otrzymał już posiadłości i przywileje dla грамотам Michała Janukowycza. W pierwszej czytać i pisać, pochodzący z 1619 r., mówiło się o tym, że Афанасьевский klasztor jest zwolniony od ruga pieniężnej i chleba, na świece, na wino, na kadzidło. Także klasztoru wyróżniała miejsce pod młyn na Романовской i Jarosławiu stronie. Z lasu i drewna, które klasztor wiózł do Zamościa, Мологе i Szeksna do klasztornego gospodarstwa domowego opłata nie były. Klasztor również освобождался od postoju gubernator, bojarów, książąt i wojsk ludzi.

Pierwsze budynki klasztoru zostały drewniane, w 17 w. klasztor wielokrotnie spalone w czasie pożaru. Tak, w 1658 r. klasztor całkowicie spłonął. Pierwsza murowana cerkiew klasztoru w sądzie Atanazego i Cyryla został zbudowany w 1664 r. z błogosławieństwem metropolity rostowskiego Jony Сысоевича. Po zakończeniu budowy kościoła został ozdobiony malowidłami, wykonanymi polskimi mistrzami. W przypadku pożaru 1670 r. klasztor ponownie ucierpiał. W 1676 r. do placu katedralnego kościoła z północy był szeregowy zimowy kościół z dzwonnicą, który został konsekrowany w sądzie metropolita Moskiewskiego Aleksego. W 1736 r. na prośbę opata klasztoru Jony i na mocy dekretu arcybiskupa Joakima do Афанасьевскому klasztoru dopisała kaplicy, przylegającej do Знаменской lub Власьевской wieży, która była bramą wjazdową w Glinianych miasto. Dziś jest ona znana pod nazwą Знаменской kościoła.

Афанасьевский klasztor znacznym nigdy nie był ani bogactwa swoich włości, ani według liczby mnichów: w 1717 r. mieszkało tu zaledwie siedmiu mnichów tak jeden белец; stan nie wzrosła i według 1802 r. powierzchnia mieszkań był zupełnie mały, ona ograniczała się do kamiennej niską ścianą tylko od wschodu i północnego-wschodu. Na innych stronach jako ogrodzenia występowali klasztorne budynki gospodarcze обывательских domów, a także Spaso-Пробоинская kościół.

Wschodniego, głównego elewacji klasztoru, który wychodził na Пробойную ulicę, w 18 w. wzniesiono dwie kamienne wieże niewielkich rozmiarów, jedna z nich pełniła rolę ostrej bramy, w drugiej mieściła się kaplica uczczenia ważnego wydarzenia − odnalezienia tu cudownego obrazu. Wieże kończyły się iglicami z postaciami трубящих aniołów.

25 czerwca 1768 r. w centrum Jarosławia po raz kolejny doszło do pożaru. W częsci wyrządzone szkody zawiera w rzeczywistości, pierwszy opis budynków Афанасьевского klasztoru. Przy prowadzeniu prac konserwatorskich został zaktualizowany malowanie świątyni Atanazego i Cyryla, pierwotny murowany ikonostas zastąpiono drewniane.

W latach 1820-1830 w mieszkaniu przeprowadzono zakrojone na szeroką skalę działania w jego zagospodarowania: zostały zbudowane dwupoziomowe kamienne настоятельские komnaty z refektarzu przez izbę; zostały zorganizowane dwie siostrzane komórki; dla kościoła Atanazego i Cyryla w 1825 r. rzemieślnik Konstanty Требников przygotował na swoje narzędzia nowy ikonostas, Aleksander Чарышников z Jarosławia позолотил go; w 1831 r. ciepły świątyni ozdobione malarstwem, malowidła wykonał Piotr Miedwiediew. W tym samym czasie została przebudowana одноярусная dzwonnica nad папертью ciepłej kościoła, klasztoru z упраздненного Борисоглебского parafii został przekazany 115-kilogramowa dzwon. Zespół dzwonnicy klasztoru stanowiły siedem dzwonów.

Kolejnym rekonstrukcji Афанасьевский klasztor został na przełomie 19-20 w.: w 1897 r. zostały ułożone kamienne piwnice, каретная, stodoła, sauna, stajnia; w 1903 i 1907 r. przeprowadzono prace remontowe w kościele katedralnym na środki wydzielone F. E. Вахрамеевым; w 1912 r. została поновлена malowanie ścian malarzem i konserwatorem M. I. Дикаревым na darowizny A. I Вахромеева.

W 1764 r. z rozkazu cesarzowej Katarzyny II Афанасьевскую mieszkanie uplasowali do заштатным. 12 grudnia 1857 r. Афанасьевская klasztor został wzniesiony w stopień третьеклассной, opatów ją mieli od tego czasu san архимандритов. Z 1895 r. Афанасьевский klasztor otrzymał status rezydencji викарного biskupa jarosławiu diecezji.

Po rewolucji w Афанасьевском klasztorze powstała wspólnota parafialna. W lutym 1925 r. klasztor został zamknięty, część jego majątku została przeniesiona do kościoła Zbawiciela na Mieście i inne świątynie. W 1930 r. na mocy decyzji władz miejskich dzwonnica została rozebrana, a w kościele Atanazego i Cyryla i innych zabudowaniach klasztornych mieści organizacji, produkcyjne, warsztaty, braterskiej obudowa była używana pod mieszkania.

W listopadzie 2007 r. świątynia z ogrodzeniem i wieżami ostrej bramy przekazali Rosyjskiego kościoła Prawosławnego. Gdy Jarosław seminarium duchowne przeniosła się do budynku dworu Вахромеева na rozkaz władcy Cyryla zespół klasztorny kościół stał się семинарским. 31 stycznia 2008 r. w приделе Aleksego odbyło się pierwsze nabożeństwo.