Pierwszy uniwersytet w Pécs pojawił się w 1367 r., jako jeden z najstarszych w Europie Środkowej, króla Ludwika Wielkiego, poszła pod podczas okupacji tureckiej. W 1921 roku przez byłego Węgierskiego uniwersytetu w Bratysławie (niem. Bratysławy, węgierski : Pozsony ) przeniósł się w Pecs, to результатом1982 Janus Паннониус uniwersytetu ( Janus Паннониус w Pécs, JPTE ).

Pierwszy uniwersytet w Pécs został ustanowiony Ludwika I Węgier w 1367. Просуществовав jako jeden ośrodek edukacyjny kilku dekad, w połowie 15 wieku jest podzielona na dwie szkoły - prawa i teologii. Podczas okupacji tureckiej uniwersytet został zamknięty, i otworzył swoje podwoje dopiero w 1785 roku, gdy Józef II podróżował Królewską Akademię z Дьера w Pecs. W 1802 roku Królewska Akademia wróciła w Gyor na polecenie Franciszka I, i instytucji szkolnictwa wyższego w Pécs nie było do 1833 roku, kiedy biskup miasta Pecs pod patronatem miejskiego senatu założył w Pécs Akademii z факультетами poszedł i filozofii.

Nowoczesny uniwersytet w Peczu został założony w 1912 roku i pierwotnie znajdował się w Pozsony (dzisiejsza Bratysława). Po Pierwszej wojnie światowej Pozsony był анексирован od Węgier, a w 1921 roku uniwersytet przeniósł się w Pecs, gdzie pozostaje do dnia dzisiejszego. W 1951 roku wydział lekarski uniwersytetu został oddzielony, a do 2000 roku był prywatną instytucją. W 1982 roku uniwersytet otrzymał nazwę Janus Паннониуса. Prawdziwy uniwersytecie w Peczu został utworzony 1 stycznia 2000 roku, w wyniku fuzji uniwersytetu Janus Паннониуса, uniwersytetu Medycznego miasta i pedagogicznego uczelni.