Budowa nowego budynku klasztoru Santa Clara w Coimbrze rozpoczęto w 1649 roku. Stary klasztor, zbudowany w końcu XIII wieku, został zniszczony, i zdecydowano się na budowę nowego budynku dla mniszek zakonu Świętej Klary.

Projekt klasztoru opracował benedyktyński mnich i królewski architekt João Турриано, budową prowadził królewski architekt Mateusz zdalnego sterowania Коуто. Budowa nowego budynku trwało dość długo. W 1677 roku w nowy budynek klasztoru, który stał się znany jako klasztor Santa Clara-a-Nova, wjechały zakonnice. W 1696 roku odbyło się poświęcenie świątyni.

Główny portal kościoła klasztornego zdobi królewski herb, który jest obsługiwany przez dwóch aniołów. Wnętrze świątyni jest barokowe. Kościół ma jedną nawę, transept brakuje. Boczne kaplice i główną kaplicę zdobią 14 запрестольных obrazów z XVII wieku w stylu "талья dorada" - ołtarze, obrazy oprawione rzeźbionego i pozłacaną drewna. Ponadto, w nowy klasztor przewieziono grób z prochami królowej Izabeli Portugalskiej, założycielki tego klasztoru. Po śmierci swego męża, króla Диниша, królowa przebywała w коимбрском klasztorze Santa Clara aż do śmierci i została pochowana tamże. Dlatego wśród mieszkańców tego mieszkania jest również nazywany klasztoru królowej Izabeli. Grób z prochami, wykonane ze srebra i kryształu, znajduje się w pobliżu głównego ołtarza kościoła. Przed kościołem stoi pomnik królowej Izabeli, wykonany przez rzeźbiarza Antonio Тексейра Lopes w XIX wieku.

W 1733 roku w klasztorze powstały kryte galerie w stylu renesansowym. Budową tych galerii prowadził węgierski architekt Carlos Мардел.