Kościół Św. Mikołaja znajduje się w zabytkowej dzielnicy, która nosi imię św., i jest najstarszym budynkiem kościoła Berlina. Jego budowę datuje się 1220-1230 lat, w tym czasie kościół znajdował się w pobliżu miejsca przecięcia rzeki Szprewy z lądowym szlakiem handlowym i miał wygląd trójnawowej bazyliki krzyża.

W 13 wieku w trakcie remontu zmieniła się w зальную gotycki kościół. W 15 wieku w niej pojawił się ołtarz zamówiony gildię berlińskich piekarzy. To zamożnego bar płacił za czynsz kościoła служке, co było bardzo istotne materialnego wsparcia. Wygląd kościoła pozostał bez zmian aż do końca 19 wieku.

Kapitalna przebudowa kościoła przeprowadzono w ciągu dwóch lat i została zakończona w 1878 roku (przewodnik pracami sprawował Herman Бланкенштайн). Podczas remontu elewacji kościoła został przebudowany w stylu neogotyckim, na nim pojawiła się druga wieża, symetryczna istniejącej.

Od 1938 r. kościół jest własnością państwa, a część dzieł sztuki została przekazana w Marienkirche, w którym są przechowywane do dnia dzisiejszego. Od tego czasu nabożeństwa zostały zakończone.

W okresie ii wojny światowej kościół został poważnie uszkodzony, ale zewnętrzne ściany budowli stał. Renowacja odbywała się według starych planów i rysunków, począwszy od 1981 roku. W tym okresie na wieży kościoła Św Mikołaja zainstalowany kuranty-carillon składający się z 41 dzwony.

Dziś w kościele działa stała ekspozycja muzealna – oddział Brandenburskiego muzeum, opowiadając o historii kościoła i związanych z nim punktów orientacyjnych twarzach. Tutaj można zobaczyć chrzcielnicę do chrztu z brązu, датируемую 1398 roku, ołtarz, ambonę w stylu barokowym. Pomieszczenia wewnętrzne charakteryzują się doskonałą akustyką, dlatego są używane jako sali koncertowej muzyki organowej (w kościele znajdują się trzy działających organu).