Muzeum sanktuariów andyjskich został utworzony w 1996 roku, po ważnych badań archeologicznych na realizację projektu "Świątyni wysokości Sur Andino", przewodniczył dr Johan Реинхардом i Jose Antonio Чавесом. W muzeum mieści się mrożone "mumia juanita ma" i inne przedmioty kultury inków.

W trakcie badań przeprowadzonych Katolickim uniwersytetem Santa Maria w ciągu czterech dekad w dzielnicy Arequipa, znaleziono wiele zabytków archeologicznych, które dziś są wystawione w siedmiu salach muzeum. Znana na całym świecie mumia "Juanita, dziewczyna w lodzie" z jej posagu - jeden z najbardziej znanych eksponatów, które można zobaczyć od 1 maja do 31 grudnia każdego roku. Pozostałe cztery miesiące Juanita znajduje się w całkowitej ciemności, dla lepszego przechowywania zamrożonego ciała dziewczyny (jej ciało nie zostało poddane procesowi mumifikacji). Juanita, znana również jako Lady Ампато, została znaleziona w 1995 roku na zboczu wulkanu Ампато na wysokości 5800 metrów nad poziomem morza. Радиоуглеродное badanie juanita ma wykazały, że jej 530 lat, bardziej dokładny czas pochówku – 1466 roku naszej ery.

Odwiedzający muzeum mogą również zobaczyć eksponaty wykonane z drewna, metalu, tkanin, złota i ceramiki, które były używane w ceremoniach inków Capac Kocha, Виракоча, a także złote i figurki ceramiczne, dobrze zachowane koce.

Obecnie ośrodek badawczo-rozwojowy UCSM przy Katolickim uniwersytecie Santa Maria de Arequipa posiada 6 specjalnych zamrażarek, o temperaturze 26°C poniżej zera, a także dwa specjalne targowych stoiska z utrzymaniem temperatury i komputerowych kontrolą operatora. Również w salach muzeum zainstalowano system klimatyzacji, aby zapisać archeologicznych materiałów.