Pomysł utworzenia muzeum Archeologicznego w mieście Almeria powstała jeszcze w pierwszej połowie 19 wieku. Do 1837 roku z najbliższych do zwiedzania miasta oraz jego okolic klasztorów udało się usunąć 196 zdjęć, a także stare monety i nagrobki, biżuterię i naczynia, odnoszące się do okresu arabskiego panowania na terenie Hiszpanii. Ale dla wielu niewiadomych powodów otwarcie muzeum w tym okresie nie miało miejsca. Później znaczna część tych artefaktów wyniosła zbiory muzealne poza Almería a nawet za granicą.

Obwieszczenie o Drugiej Republiki Hiszpańskiej był fakt, że w 1933 roku w Almerii nadal był otwarty muzeum Archeologiczne, które umieścili w budynku instytutu naukowo-badawczego. Początkowe kolekcji muzeum stanowiły zabytki archeologiczne znalezione podczas wykopalisk w Almerii i jej okolicach. W 1934 roku muzeum rozpoczął już współpracę z innymi muzeum funduszami kraju. W 1979 roku, w związku z rozszerzeniem kolekcji muzeum przeniesiono do budynku, w którym znajdował się Najświętszej Maryi panny del Mar.

W 1998 według projektu architektów Ignacio Garcia Pedrosa i Angela Garcia de Paredes wzniesiono nowy budynek muzeum, które spełnia współczesnych wymagań. Wnętrze nowej obudowy, przestronne i jasne dzięki zastosowaniu starannie przemyślany system naturalnego oświetlenia, charakteryzują się minimalistycznym designem, ostre geometrycznymi liniami i przestrzennym pojemności. Kolekcji muzeum Archeologicznego w Almerii prezentowane są eksponaty, począwszy od epoki paleolitu do okresu panowania maurów na półwyspie iberyjskim.