Fort Pilar, którego oficjalna nazwa – Royal Fort Najświętszej Maryi panny Пиларской z Saragossy, został zbudowany w 17 wieku hiszpański konkwistadorów na południowym krańcu wyspy Mindanao. Dziś jest to oddział Muzeum Narodowego Filipin i jedna z głównych atrakcji miasta Zamboanga i symbol jego dziedzictwa kulturowego. Na zewnątrz fortu u jego wschodnich ścian znajduje się obraz Najświętszej Maryi panny Пиларской, patronki miasta.

Budowa fortu rozpoczęła się w 1635 roku, w celu ochrony mieszkańców małej wioski Хамбанган przed najazdami piratów – o tym hiszpański rząd Filipin rozpaczliwie prosił jezuiccy misjonarze, prowadzące swoją działalność na Mindanao. Pierwotnie twierdza nazywała Real Фуэрца de San Jose – Royal Fort Św. Józefa. Ponieważ ręce do budowy fortu brakowało, na Mindanao sprowadzano robotników z pobliskich wysp Кавитэ, Cebu, bohol, coron i Panay.

Już w 1646 roku fort został zaatakowany – został zaatakowany holendrzy. Później, w 1662 roku, hiszpanie sami opuścili swoją twierdzę i wrócili do Manili, aby zmierzyć się z chińskim piratów. W 1669 roku przez mnichów jezuitom musiał przywrócić fort po licznych ataków najeźdźców. A w 1718-19 roku twierdza została całkowicie przebudowana na rozkaz hiszpański generał-gubernatora Fernando Руэды i otrzymała nową nazwę – Royal Fort Najświętszej Maryi panny Пиларской z Saragossy na cześć patronki Hiszpanii. Już za rok trzy tysiące piratów pod wodzą potężnego sułtana Булига zaatakowali fort, ale zostały odrzucone do tyłu. W 1798 roku fort zaatakowali wojska brytyjskie, ale twierdza znowu ulegla.

W 1734 r. na wschodniej ścianie fortu został umieszczony obraz Maryi Пиларской, aby ludzie mogli się modlić i oddawać jej cześć. Mówią, że w tym roku sama Maryja pojawiła się u bram miasta – strażnik nie rozpoznał ją i kazał się zatrzymać. A kiedy zrozumiał, kto przed nim, upadł na kolana. Inna legenda głosi, że to właśnie Maryja Пиларская uratowała miasto od straszliwej katastrofy: we wrześniu 1897 r. w zachodniej części Mindanao doszło do bardzo silnego trzęsienia ziemi. I byli ludzie, którzy twierdzili, że widzieli, jak Maryja воспарила nad cieśniną Базилан, podniosła prawą rękę i zatrzymała które zbliżają się ogromne fale, uratować w ten sposób miasto przed tsunami.

W 1973 roku Fort Pilar został uznany za narodowy skarb Filipin. Ponieważ po ii wojnie Światowej znajdował się w opłakanym stanie, w 1980 roku rozpoczęły się zakrojone na szeroką skalę prace konserwatorskie, które w ciągu sześciu lat kierował Muzeum Narodowe. Po ich zakończeniu wewnątrz fortu został otwarty oddział muzeum ze specjalnej ekspozycji, poświęconej филиппинскому sztuki nowoczesnej. W 1987 roku została otwarta ekspozycja opowiadająca morskiego cieśniny Базилан i morza Sulu. W drugiej ekspozycji można zobaczyć pozostałości statku "Griffin", zatopionego u wybrzeży Zamboanga w 18 wieku. Wewnątrz i na zewnątrz fortu podzielone są małe i przytulne skwery, jak deptak Paseo del Mar chroni budynki fortu przed niszczącym działaniem morza.