Kościół Marii Magdaleny znajduje się w dzielnicy Södermalm. Historia kościoła sięga 1350 roku, kiedy król Magnus Ericsson za zgodą papieża Klemensa VI wybudował kaplicę i poświęcił jej Maryi Магдалене. Zewnętrzny wygląd budynku z tamtych lat jest słabo udokumentowana, i tylko sprowadzają się do naszych dni miedziana rycina przedstawia kaplicę jak mały budynek z wysoką wieżą, zwieńczoną kształt wkładu umożliwiają iglicą.

Na początku 1520-tych Gustav Vasa zwykł Sztokholm i jego wojska, na czele z Педером Фредагом rozbili obóz w kaplicy, ale oni ponieśli ciężkie straty, gdy duńskie wojska Christiana II napadli na nich z miasta. To wydarzenie, może i było jedną z głównych przyczyn, dlaczego Gustav Vasa zniszczył wszystkie kościoły, klasztory i kaplice, otaczające miasto, po wprowadzeniu protestantyzmu w 1527 roku, w tym kaplicę Marii Magdaleny. Jednak jego syn, król Jan III, rozpoczął budowę nowego kościoła na miejscu kaplicy w 1588 roku. Jednak jego śmierć w 1592 roku przerwała prowadzone prace budowlane, a kościół pozostał niedokończony aż do 1634 r.

Architekci Nikodem Тессин Starszy i Тессин Młodszy wzięli się za kontynuacją budowy i wzniesiono kościół w stylu barokowym. Iglica, uważany za najpiękniejszy w Sztokholmie, został zniszczony w czasie pożaru w 1759 roku, który również zniszczył 300 innych budynków w okolicy. Karola dla johana Кронстедту powierzono odzyskać kościół, a jego projekt został zakończony w 1763 roku. Zachował większą część oryginalnej konstrukcji. Renowacja wnętrza kościoła Marii Magdaleny odbyła się w 1927 roku, wtedy też został tu zainstalowany i pierwszy organ, drugi został dodany w 1986 roku.