Jednonawowa świątynia świętego Jana Chrzciciela został pomyślany w 1510 roku dobroczyńcami Pardubice – panami Пернштейнами, które nie tylko zajmowały się odbudową samorządu zamku, przekształcając go w przytulnej rezydencji rodu, ale i nie zapominali o leżącym pod murami zamku w mieście. Dzięki Пернштейнам, w Pardubice zbudowany nie jeden kościół. Nie był wyjątkiem i kościół, konsekrowany w imię Jana Chrzciciela.

Budowa trwała dość długo: czy pieniędzy nie brakowało, to czy były inne zmartwienia. Wreszcie, w 1563 roku kościół był otwarty dla wszystkich chętnych. Niektóre ulepszenia wnętrza trwały jeszcze 7 lat. Kończył budowę kościoła miejscowy architekt Wacław Вшетечка. On sam stworzył w kościele krypty, nad którym w 1788 roku postawiono dzwonnicę.

Do nowego kościoła został zakupiony teren, który był częścią głównego пардубицкого cmentarza. Jeszcze przez dłuższy czas obok kościoła chowano zmarłych. Do naszych czasów w doskonałym stanie zachowały się niektóre starożytne grobowce, pochodzące z XVI-XVII wieków. Teraz są one też stały się lokalną atrakcją i wchodzą w skład tutejszych zabytków architektury i historii.

Z czasem kościół zaczął domagać się naprawy, który został wyprodukowany w 1881 roku. Następnie, już w nowym stuleciu kościół ponownie został przebudowany. Ostatnia znacząca ingerencja w jej oblicze stało się w latach 1938-1940.

Wnętrze kościoła jest wykonana w stylu barokowym.

Kościół świętego Jana Chrzciciela aktualny i otwarty dla zwiedzających podczas usług i świąt kościelnych.