Głównym eksponatem Muzeum bomby atomowej w Nagasaki jest układ tej samej bomby atomowej, która 9 sierpnia 1945 roku o godzinie 11 rano została zrzucona z amerykańskiego bombowca W-29 "Bockscar". Od wybuchu natychmiast zginęły 74 tysiące mieszkańców miasta i jeszcze wiele poddano napromieniowaniu i umierali od jego skutków.

Nowy nowoczesny budynek muzeum został zbudowany w 1996 roku, kiedy odnotowano пятидесятая rocznica atomowego bombardowania Nagasaki. Muzeum mieści się w samym epicentrum wybuchu. Im był powiat Ураками – przytulny przedmieścia, który w latach 20-tych ubiegłego wieku został wybrany miejscem zakwaterowania wojskowych zakładów.

W budynku muzeum epicentrum oznaczony czarną kolumną, którą wieńczy figura anioła. Głównymi eksponatami muzeum są zdjęcia ofiar bombardowania, a także wideo-wywiad z tymi, którzy przeżyli po niej. Ponadto, znajdują się rzeczy osobiste i przedmioty, które zostały искорежены podczas wybuchu, a także zegar, przebywający w chwili katastrofy i z tego czasu pokazują tylko jedno, czas 11 godzin, 02 minuty. Są wśród eksponatów i fotografii, przedstawiających życie miasta, do wybuchu.

Tutaj również opowiedziana historia budowy broni jądrowej, reprodukowany fakt samego ataku i przedstawione wydarzenia, które doprowadziły do katastrofy. Atomowe ataki z powietrza, powstałe w dwóch miastach – w Hiroszimie i Nagasaki, zostały popełnione w celu przyspieszyć kapitulację Japonii w ii wojnie światowej. Jądrowy "argument" zastosowano w USA w sierpniu 1945 r.

Opuszczając muzeum, zwiedzający mogą wziąć na pamięć postać papierowego żurawia, których tu mnóstwo. Figurka origami w postaci żurawia stała się jednym z symboli japońskiej tragedii. Żurawia po raz pierwszy złożyła dziewczynka Sadako Sasaki, która została napromieniowana w czasie wybuchu bomby atomowej w Hiroszimie, a przez 10 lat zmarła na białaczkę. W usłyszanym przez nią legendy, tysiąc papierowych żurawi musiała spełnić pragnieniem, ale dziewczyna zdążyła złożyć z papieru tylko 644 ptaki.

Muzeum bomby atomowej położony jest obok Pamiątkowych sali pamięci ofiar atomowego bombardowania.