Cerkiew Św Mikołaja został założony w Lyonie przedstawicielami rosyjskiej społeczności, którzy wyemigrowali do Francji po rewolucji 1917 roku.

Pierwszy kościół, założony w 1928 roku, mieścił się w drewnianym budynku przy ulicy Bęben. Został nazwany na cześć słynnego świętego, a tak samo jak wspomnienie o расстрелянном wraz z rodziną cesarza Nicolae Drugim. Pierwszym przeorem był ojciec Wiktor (Puszkin), były ojcze.

W 1937 roku świątynia, najprawdopodobniej z powodu podpalenia, spalił się całkowicie. Jego odbudowa rozpoczęła się zaledwie dwa lata później – do budowy murowanego budynku wybrano nowe miejsce przy ulicy Sainte-Geneviève. Świątynia został stworzony według projektu uchodźcy Siergieja Баздерева. Budowa świątyni trwała siłami proboszcza i parafian zebrane darowizny, prace prowadzone wieczorami i w weekendy, więc budowa przebiegała bardzo powoli. Nawet w czasie ii wojny światowej, pomimo bombardowania i braku środków prace trwały. A wnętrze świątyni trwała jeszcze i w okresie powojennym. Konsekracja kościoła odbyła się w maju 1946 r.

W latach 1970-tych w świątyni po zawalenia sufitu został przeprowadzony remont. Pod koniec ubiegłego wieku wokół kościoła wzrosła mieszkalne, a gdy obok niego została otwarta stacja metra, liczba parafian wzrosła. Jedna z ikon świątyni poświęcony ireneusza z lyonu – biskupa Lyonu, który męczeńską śmierć za wiarę w 202 roku.

Kościół Św Mikołaja w Lyonie nie różni się bogatą dekoracją i oryginalną architekturą, jednak nazywają go pomnikiem pierwszej fali emigracji i symbolem miłości do wiary prawosławnej.

W Lyonie są inne rosyjskie prawosławne świątynie – na przykład, kościół Św Jana Rosyjskiego.